Uniwersyteckie Repozytorium Przypadków Medycznych (URPM)

Kluczowym z punktu widzenia użytkownika systemu URPM jest moduł wyszukiwarki stanowiący najbardziej rozbudowaną część systemu URPM, będący jednocześnie największym wyzwaniem wdrożeniowym projektu. Istnieją  dwa  typy  architektury  modułu wyszukiwania.

Pierwszy z nich to wyszukiwanie krokowe, polegające na definiowaniu pojedynczych kryteriów w następujących po sobie krokach i otrzymywaniu w pierwszym kroku najszerszej puli wyników, zawężającej się wraz z definiowaniem kolejnych kryteriów.

Drugą opcją jest wyszukiwanie całościowe, polegające na rozpoczęciu wyszukiwania dopiero po całościowym zdefiniowaniu wszystkich kryteriów.

Po analizach wewnętrznych podejmowanych w gronie Komitetu Sterującego we współpracy z Wykonawcą,  zdecydowano się na schemat krokowy, co podyktowane jest większą przyjaznością dla użytkownika, większą elastycznością oraz możliwością szybkiej korekcji zapytania w sytuacji, kiedy liczba znalezionych wyników jest dla użytkownika niesatysfakcjonująca. Aby zachować jednak główną zaletę schematu wyszukiwania całościowego, jaką jest szybkie definiowanie kryteriów, nieobciążone czasem oczekiwania na cząstkowe wyniki, umożliwione zostanie wstrzymanie wyszukiwania na czas definiowania kryteriów.

Każdy krok zapytania (poza pierwszym) jest związany z jednym krokiem “rodzicem” tworząc uporządkowany ciąg kroków zwany scenariuszem. Użytkownik, może budować scenariusz dodając kroki do ostatniego kroku scenariusza lub do dowolnego wcześniejszego kroku. W ten sposób powstają dwa scenariusze, które współdzielą pewien początkowy ciąg kroków. W ogólności wszystkie scenariusze tworzą zbiór drzew kroków, a scenariusz jako ścieżka od korzenia do wybranego węzła takiego drzewa (najczęściej liścia) jest wykonywany przez wykonanie kroków tej ścieżki w kolejności od kroku korzenia.

Dzięki drzewiastej strukturze scenariuszy moduł wyszukiwania URPM umożliwia utrwalanie (zapisanie) wyniku zapytania dla wskazanej ścieżki (zwany materializacją trwałą) tak, aby bardziej rozbudowane scenariusze zawierające tą ścieżkę nie musiały ponownie wyszukiwać wyników ale skorzystają z zapisanej materializacji w zakresie kroków objętych materializacją.

Krok scenariusza stanowi najczęściej pojedynczy szablon zapytania o wybrany zasób lub zdarzenie medyczne zgromadzone w bazie URPM. Użytkownik określając szczegółowe warunki tego zapytania może korzystać z danych będących wynikiem wykonania kroków scenariusza prowadzących w kierunku korzenia drzewa (czyli kroków uprzednich) np. dat, kodów, identyfikatorów, wartości liczbowych itp. Zatem krok pierwszy (korzeń) scenariusza definiuje co będzie stanowić bazę wiersza wyniku: pacjent, wizyta lub hospitalizacja. Dalsze kroki scenariusza (w większości w sposób automatyczny) dokładają warunek wiążący wynik zapytania z tego kroku z podmiotem pierwszego kroku scenariusza (pacjent, wizyta lub hospitalizacja).

Krok scenariusza definiuje także dostępne atrybuty dokumentów i zdarzeń medycznych, a użytkownik może zdefiniować tzw. projekcję czyli wskazać, które z nich mają trafić do tabeli wynikowej, jak sprowadzić atrybut wielokrotny do postaci skalarnej (wybierz pierwszą wartość, połącz wszystkie wartości) i jaki ma być tytuł kolumny wynikowej. Kolumny włączone do projekcji są ponadto dostępne jako dane w module statystycznym.

W dowolnym momencie podczas tworzenia zapytania użytkownik może podejrzeć zdefiniowane dotychczas kroki oraz edytować wybrany krok. Filtry zdefiniowane na poziomie każdego kroku są wyświetlane również w formie języka naturalnego.

Funkcjonalnościami najbardziej istotnymi z punktu widzenia użytkownika są:

1. wyszukiwanie pełno tekstowe z rozmyciem: użytkownik może wyszukać opisowe dane medyczne, takie jak epikryza, które zawierają zdefiniowane przez użytkownika frazy, Sposób wprowadzania umożliwia określenie kryteriów logicznych – wyszukiwanie z frazą dokładną, z frazami połączonymi spójnikami ,,i’’ oraz ,,lub’’, z wykluczeniem frazy oraz z frazą podobną do zadanej;
2. wyszukiwanie podań leków po nazwie handlowej leku lub po substancji czynnej leku;
3. wyszukiwanie pozycji formularzowych po tekście wprowadzonym do pól tekstowych lub po tytułach pól formularzowych;
4. wyszukiwanie wyników badań laboratoryjnych – niezależnie od wartości, tylko wartości z określonych przedziałów, tylko konkretne wartości tekstowe lub wartości pozostające w ustalonej relacji ze zdefiniowaną w systemie normą;

Dodatkowo, opisany wyżej mechanizm wiązania warunków zapytania w kroku scenariusza z danymi uzyskanymi w krokach poprzednich jest podstawą wyszukiwania według daty poszczególnych zdarzeń medycznych. W każdym kolejnym kroku, począwszy od drugiego, użytkownik może ustalić w jakiej relacji czasowej pozostają dwa zdarzenia medyczne.

Przykład: Jeśli użytkownik w kroku drugim wyszuka wszystkie podania leku X a w kroku trzecim pomiar ciśnienia tętniczego skurczowego, będzie mógł określić, czy chodzi o pomiary wszystkie, pierwszy, ostatni a także w jakim przedziale czasowym w odniesieniu do podania leku, np. pomiar pierwszy, ale co najwyżej 7 dni przed podaniem leku.

Moduł wyszukiwania zwraca wyszukane wyniki w formie tabeli (zawierającej projekcje określone w każdym kroku scenariusza), którą użytkownik będzie mógł podejrzeć bezpośrednio w systemie lub wyeksportować do pliku CSV i otworzyć w programie zewnętrznym. W pierwszym kroku wyszukiwania użytkownik może zdecydować o sposobie organizacji pliku wynikowego – jeden wiersz tabeli może zawierać dane pochodzące z całej historii pacjenta (a więc wiersz reprezentuje jednego pacjenta) lub dane z jednej tylko hospitalizacji (dane jednego pacjenta mogą znaleźć się w kilku wierszach) lub wizyty. W trybie podglądu tabeli wynikowej użytkownik może edytować wygląd tabeli wynikowej, a co za tym idzie, wyeksportowanego pliku CSV, poprzez zmianę kolejności kolumn, edycję tytułów kolumn oraz włączanie i wyłączanie poszczególnych kolumn (definiowanie projekcji).